Le livret de l’opéra emprunte pour l’essentiel à la partie centrale du scénario d’Andreï Tarkovski, réduit et ponctué d’inserts philosophiques à l’humour ironique provenant du livre des frères Strougatski.

Dans un présent uchronique, la Terre a été brièvement visitée par une civilisation extraterrestre. Désertée et bouclée par l’armée, la zone de contact reste le siège de phénomènes paranormaux mortels. On dit qu’en son centre existerait une « Chambre » : celui qui y entrerait verrait son vœu le plus cher s’exaucer. Un éminent scientifique et un auteur à succès paient un « stalker », sorte de guide mystique et grand arpenteur de la Zone, pour les guider vers la Chambre.

Stalker fait surgir l’idée de concevoir un opéra d’un genre nouveau, tendant à s’affranchir de la forme traditionnelle du théâtre lyrique pour aller vers une forme plus éclatée, une recherche de l’occupation de l’espace et du temps qui place le spectateur dans une position non strictement frontale, en déambulation, et dans un flux sonore immersif. 
Alors que Stalker se situe dans des habitats contrastés évoquant alternativement le monde industriel et la nature, des scènes se dérouleront dans une proximité intimiste, ou au contraire à grande distance, parfois à peine visibles mais toujours audibles avec précision grâce à un système des casques audio dont chaque spectateur sera doté.